Doch, werden sie.
Kann natürlich sein, dass sie in einem Gebiet sind, wo ein Dungeon ist, da muss man die halt abklappern, wird dort ja auch auf der Karte angezeigt.
Zumindest 3 die man leicht übersieht sind die im Deku-Baum wo man mit Bomben und Bumerang nochmal zurück muss um den einen kleinen Raum aufzusprengen und zwei in Dodongos Höhle, wo man einmal Vogelscheuche und Enterhaken braucht (dort, wo die Mini-Dodongos aus dem Boden kommen) und bei dem Raum mit der Treppe, die man runtersprengen muss, wo man evtl. auch den Enterhaken braucht (das geht aber sogar schon als Kind, wie ich (erst in diesem Durchgang

) herausgefunden hab: Wenn man mit der Säule im Anfangsraum bis ganz nach oben fahren kann, einfach zwei Räume zurückgehen in den Raum mit der Treppe (dort kommt man dann ja von oben) und dann kann man (sofern die Treppe oben ist, dafür muss man halt den Dungeon verlassen haben) einfach seitlich hochklettern und in den kleinen Vorsprung mit der Skulltula gehen

)